정부가 ‘내년 1학기 복귀’를 전제로 의대생들의 휴학을 제한적으로 승인하겠다고 밝힌 가운데 의대생 단체가 반발하고 나섰다. 7일 40개 의대 학생들이 모인 대한의과대학ㆍ의학전문대학원 학생협회(의대협)는 비상대책위원회 위원장 명의로 입장문을 발표했다. 손정호 의대협 공동비대위원장 등은 “교육부가 전일 휴학계 승인에 대한 전제를 걸고 휴학 기간을 제한하는 등 초법적 내용을 발표했다”며 “이는 학생의 기본적인 권리에 대한 명백한 침해이자 강요, 협박”이라고 비판했다. 이어 “교육부는 적법하게 제출한 휴학계를 수리하는 것이 마땅하다”고 밝혔다. 
 교육부는 내년 1학기 복귀를 조건으로 의대생들의 휴학을 제한적으로 허용하기로 했다. '동맹휴학 불허'라는 원칙은 지키면서 2025학년도 시작에 맞춰 복귀하는 것을 전제로 의대생 휴학을 승인하겠다는 것이다. 대신 고등교육법 시행령과 학칙 개정을 통해 2개 학기를 초과해 3학기 이상 연속 휴학하는 것을 제한, 올해 1·2학기에 이어 내년 1학기에도 특별한 사유 없이 복귀하지 않으면 '미등록 제적'될 수 있다고 밝혔다. 의대생들이 한꺼번에 복학할 때에 대비해 의대 교육과정을 현행 6년에서 최대 5년으로 단축하는 방안을 검토키로 했다. 의대협은 정부의 ‘의대 교육 5년 단축안’에 대해 “조기졸업 형태로 된다는데 1월에 개강해서 1년 내내 빈틈이 없는 의대 학사일정에서 어떻게 그러한 형태가 가능한가”라며 “말도 안 되는 땜질식 처방은 의학 교육의 질적 하락을 가져올 것이 자명하다”고 지적했다.

 의대협은 이날 각 의대 대표들을 통해 학생들에게 “교육부의 농단에 동요하지 말라”는 공지 메시지를 보내기도 했다. 의대협은 비대위원장 명의의 내부 공지문에서 “서울의대의 휴학 수리에 따라 나머지 39개 단위에서도 휴학 승인을 위해 적극 노력할 것”이라며 “교육부의 ‘복귀 전제’ 휴학은 학생 권리 침해이자 강요ㆍ협박”이라고 밝혔다. 또 “조건부 휴학 승인을 운운하며 혼란을 초래하는 교육부 농단에 동요하지 마시기를 바란다”며 “학생들의 방향성은 스스로의 선택에 따라 학생 사회 내에서 결정돼야 한다”며 결속을 다졌다.

 이날 의대 교수단체도 정부의 휴학 승인 방침을 비판하는 성명을 냈다. 전국의과대학교수협의회와 전국의과대학교수 비상대책위원회는 이날 공동 성명을 내고 “교육부는 학생들이 자유 의지로 결정한 휴학 신청을 승인하지 말라는 부당한 행정지도를 통해 학생의 기본 인권을 억압하고 있다”며 “대학의 자율성을 심각하게 침해하고 있다”고 비판했다. 또 “자유민주주의의 근간인 자유가 교육부에 의해 전면 부정되는 상황”이라며 “이주호 교육부 장관은 현재 벌어지고 있는 교육부의 대학 과잉 규제와 비민주적 간섭을 즉시 거둬야 할 것”이라고 밝혔다.