홍 전 차장은 이날 오전 국회 국정조사에 출석해 계엄 당일 윤 대통령과 나눈 통화 내용을 설명했다. 그에 따르면, 지난달 3일 비상계엄을 앞두고 윤 대통령은 전화로 '한 두시간 후에 중요하게 전달할 사항이 있으니 대기하라'고 지시했다. 이에 홍 전 차장은 국정원 집무실에 있다가 TV로 계엄령 사실을 알게 됐고, 계엄 발표 30분 만에 윤 대통령으로부터 다시 전화를 받았다.
홍 전 차장은 "전화를 받으니 (윤 대통령이) 비상계엄 발표 확인했냐고 물으셨다"면서 "강한 어투라 말하기가 좀 어렵지만 '이번에 다 잡아들여서 싹 다 정리해라'라고 말씀하셨다"고 밝혔다. 다만 윤 대통령의 지시엔 목적어가 없었다. 홍 전 차장은 "어느 누구를 (체포)해야 되는지 잘 몰랐고 그렇다고 대통령께 여쭤보기도 뭐해서 잠깐 기다리고 있었는데 대통령도 말씀 도중 잠시 멈춤이 있었다"고 전했다.
윤 대통령은 계속 체포 대상을 말하지 않은 채 "국정원에 대공수사권을 줄 테니 일단 방첩사를 적극 지원하라. 방첩사에 자금이면 자금, 인원이면 인원 무조건 지원해"라고 지시했다는 게 홍 전 차장의 증언이다.
당시 상황에 대해 홍 전 차장은 "국내에 장기 암약하던 간첩단 사건을 적발했나 보다, 그래서 이렇게까지 긴급히 국정원에 지원을 요청한다고 추정했다"고 설명했다.
이후 홍 전 차장은 여인형 전 국군방첩사령관과 통화를 통해 정치인 체포 지시라는 점을 알게 됐다고 한다.
조태용 국정원장에게 정치인 체포 관련 보고를 했는지는 증언이 엇갈렸다. 홍 전 차장은 "제가 '대통령께서 정치인을 체포하라고 지시하셨습니다'고 (구체적으로는) 보고하지 않았다"면서도 "정황상 관련된 보고를 드렸다"고 주장했다. 반면, 조 원장은 "저한테 보고하지 않았다는 말씀을 제 명예를 걸고 다시 한번 확인하겠다"고 밝혔다.