부부가 가정불화로 장기간 별거했더라도 이를 거주 기간에 포함해 장기보유특별공제(이하 장특공제)를 산정해야 한다는 조세심판원의 결정이 나왔다.

11일 심판원에 따르면 청구인 A와 B는 부부 사이로 지난 2006년 강남의 한 아파트를 공동 명의로 매입했다. 이후 이 아파트에 거주하지는 않고, 전세로 내줬다. 이 사이 두 사람은 경제적인 문제로 사이가 나빠져 별거하기로 결정했다. 2014년 6월 A씨는 부부가 매입한 아파트에 입주했고, B씨와 자녀 C씨는 같은 단지의 다른 아파트에 전세를 얻어 따로 살았다. 그러다 사업상 부채 문제가 해결되면서 두 사람은 화해했고, 2020년 11월부터 해당 아파트에서 함께 거주하기 시작했다.

문제는 2023년 8월 아파트를 매도하면서 생겼다. 부부는 A씨가 살기 시작한 2014년부터 9년 1개월을 기준으로 장특공제를 신청했는데 관할 세무서는 별거한 6년 4개월은 빼고, 2년 9개월만 장특공제를 적용해야 한다며 제동을 걸었다. 장특공제는 실제 얼마나 거주했느냐에 따라 공제율이 크게 달라지는데 이 건에서 9년 1개월의 공제율은 36%, 2년 9개월의 공제율은 8%다.

공제율을 계산할 때 거주 기간은 세대원 전원이 거주한 기간으로 산정하는 게 원칙이다. 하지만 세대원 일부가 근무지 이전, 질병, 가정불화 등의 사유로 따로 사는 경우 나머지 세대원이 거주했으면 ‘일시 퇴거’로 보고 기간에 포함해준다. 그런데도 관할 세무서가 문제를 제기한 건 가정불화를 입증하기 어려운 데다 세대원 3명 중 2명이 나가서 살았고, 6년 4개월도 일시적이라기엔 너무 길다고 봤기 때문이다. 통상 1세대 1주택 보유 요건을 따질 때 일시 퇴거로 판단하려면 다른 시∙군으로 떨어져 살아야 하는데 이들이 같은 아파트 단지에서 따로 살았다는 점도 문제 삼았다.

하지만 심판원은 부부의 손을 들어줬다. 일단 청구인이 제시한 카카오톡 대화를 통해 가정불화가 있었다는 점을 인정했다. 반대로 부부가 조세 회피를 목적으로 별거했다는 증거는 없고, 별거하는 동안 다른 주택으로 옮기거나 새로 주택을 사고파는 등 투기로 판단될 행위를 하지 않았다는 점도 받아들였다. 심판원은 “장특공제의 입법 취지는 실수요자의 장기 보유를 장려하는 것인 만큼 별거도 거주 기간으로 인정하는 것이 타당하다”며 “장특공제가 따로 명문규정을 두지 않고 있는 상황에서 다른 시∙군으로 이전한 경우만 인정하는 1세대 1주택 규정을 원용한 것도 불합리하다”고 판단했다.